Dès le Ve siècle et pour la première fois en Gaule, un sanctuaire marial se dresse sur les bords de la Garonne, Sainte-Marie de Toulouse. En forme de décagone et décoré de mosaïques, l'édifice primitif rappelle les constructions de Rome, de Ravenne et d'Orient.

En 844, Charles le Chauve renouvelle des privilèges accordés par son père au " monastère Sainte-Marie " et des moines bénédictins s'y installent.

A la fin du XIe siècle, sous l'impulsion de l'évêque de Toulouse Isarn, le sanctuaire devient un monastère placé sous le contrôle du puissant ordre de Cluny.

Sous la dépendance directe de l'abbaye de Moissac, le lieu connaît une période fastueuse qui bénéficie des faveurs des comtes de Toulouse et de la générosité de nombreux pèlerins qui affluent alors à Toulouse, étape obligée vers Saint-Jacques-de-Compostelle. De nombreux fidèles viennent vénérer la Vierge Marie.

Mais après les incendies de 1429 et de 1463, le monastère, qui connaît par ailleurs des crises internes, périclite. Au XVIe siècle la décadence ne fait que s'accentuer. En 1506, seulement quatre moines y résident.

Au début du XVIIe siècle, le Parlement de Toulouse confie le couvent aux bénédictins de Saint-Maur qui rendent au sanctuaire tout son éclat. Grandement fréquenté par les plus hauts dignitaires ecclésiastiques, les magistrats municipaux et de nombreuses confréries, le culte de la Vierge Noire s'affirme chaque jour d'avantage.

De multiples processions sont organisées avec beaucoup de faste et les sorties de Notre-Dame sont nombreuses. Les bénédictins de Saint-Maur ont rédigé un précieux manuscrit tenant le compte de ces " descentes" réalisées de 1627 à 1790. Seuls les Capitouls sont habilités a décider de l'intervention de Notre-Dame lorsqu'un fléau - feu, sécheresse, inondation ou épidémie- menace la ville. La dernière des processions triomphales eut lieu le 23 juin 1790.

Pendant la période révolutionnaire, en 1794, la Daurade est fermée, comme toutes les églises de Toulouse. Lorsque le culte est rétabli en 1795, la dévotion mariale est loin d'être éteinte.

Lors du retour de la statue de la vierge qui a été déposée au Musée, la foule se presse avec une telle ferveur que l'administration prend peur et ordonne la destruction de la sculpture.

Au début du XIXe siècle, l'église se dote d'une autre statue offerte à la piété populaire qui ne s'était jamais démentie.