Frédéric II, empereur d'Allemagne et roi des Deux-Siciles avait pris la croix dès 1215. Pour le décider à partir le pape Honorius III le marie avec Isabelle, fille de Jean de Brienne et héritière du trône de Jérusalem.
En été 1225, menacé d'excommunication, l'empereur renouvelle son vœu, mais en diffère la date jusqu'en 1227. Élu pape au printemps 1227, Grégoire IX surveille Frédéric II qui s'embarque finalement en septembre à Brindisi. Trois jours plus tard, il s'arrête à Otrante, prétextant une maladie.
Le pape l'excommunie.
Ce n'est que le 28 juin 1228 que l'empereur excommunié se décide à partir. A Chypre, il impose sa souveraineté contre les Ibelins. A Acre, templiers et hospitaliers refusent de collaborer.
Pourtant le 18 février 1229, à Jaffa, il conclut un traité avec le sultan d'Égypte qui restitue Jérusalem aux Francs, moins l'esplanade du Temple, Lieux Saints de l'Islam. En outre Sidon, Nazareth, Ramla et Bethléem sont rendus aux croisés.
L'empereur se rend à Jérusalem et se couronne lui-même au Saint Sépulcre en mars 1229.
Les Poulains, avec à leur tête le patriarche latin, ne pardonnent pas à un excommunié ce succès diplomatique. L'interdit est jeté sur la ville. Les templiers qui ne retrouvent pas leur centre d'origine sont hostiles à l'accord. Enfin Frédéric II renonce à fortifier Jérusalem. Il se rembarque le 1er mai 1229 sous les quolibets de la foule.
L'attitude tolérante de Frédéric II à l'égard de l'Islam a fait scandale. Avec elle l'idée de croisade est bien morte.
Enfin, faute de moyens appropriés - hommes et forteresses - les nouvelles conquêtes acquises sans combattre sont à la merci d'un retournement des Sarrasins. En 1244, appelés par l'Egypte, les troupes khwarezmiennes, chassées de leurs terres par les Mongols, s'emparent de Jérusalem et en quelques semaines le sultan al-Ayyub d'Egypte reprend toute la Judée et la Samarie. En 1245 Acre est sous le coup d'une attaque émminente.